Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości Jan Stanisław Jankowski zaczął pracę jako urzędnik państwowy w Ministerstwie Rolnictwa i Dóbr Państwowych oraz Głównym Urzędzie Ziemskim. Jednocześnie czynnie udzielał się politycznie. Był współzałożycielem Narodowej Partii Robotniczej (NPR) i prezesem jej Głównego Komitetu Wykonawczego w latach 1920-1923. W roku 1921 został na krótko ministrem pracy i opieki społecznej w rządzie Wincentego Witosa, a następnie powrócił do pracy w Ministerstwie Rolnictwa i Dóbr Państwowych. W latach 1925-26 został wiceministrem pracy i opieki społecznej i w 1926 roku znów ministrem tego resortu. Po przewrocie majowym został zwolniony ze służby państwowej i pracował w Kasie Chorych i Ubezpieczalni Społecznej w Warszawie. W tym samym roku objął stanowisko wiceprezesa Zjednoczenia Zawodowego Polskiego, a w latach 1927-34 był radnym miasta stołecznego Warszawy. Posłem na sejm był w latach 1928-35 początkowo z ramienia Narodowej Partii Robotniczej, od 1933 roku jako członek Klubu Demokratycznego. Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej związał się ze Stronnictwem Pracy.