Po upadku powstania Jankowski był w obozie przejściowym w Pruszkowie, skąd został zwolniony ze względu na wiek. Miał wtedy 62 lata i był schorowany, ale kontynuował swoją konspiracyjną działalność jako Delegat Rządu RP i wicepremier. W marcu 1945 roku zdecydował się wraz z działaczami konspiracyjnymi – gen. Leopoldem Okulickim, Kazimierzem Pużakiem i innymi wziąć udział w rozmowach z Sowietami, które zakończyły się podstępnym aresztowaniem działaczy w nocy z 27 na 28 marca przez oddział specjalny NKWD i wywiezieniem do Moskwy. Osadzono ich w więzieniu na Łubiance i sądzono w tzw. „procesie szesnastu” za działalność wywrotową przeciwko Armii Czerwonej i ZSRR, terror i dywersję, prowadzenie wrogiej propagandy wobec ZSRR. Wyrokiem Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego ZSRR Delegat Jankowski został skazany na 8 lat więzienia, pomimo iż był obywatelem innego państwa. Nie doczekał końca wyroku, zmarł 13 marca 1953 roku na dwa tygodnie przed planowanym zwolnieniem w niewyjaśnionych okolicznościach we Włodzimierzu nad Klaźmą (Rosja). Pochowano go w zbiorowym grobie na miejskim cmentarzu. Ustalenie miejsca pochówku jest niemożliwe, gdyż nie zachowały się rejestry osób zmarłych w więzieniu we Włodzimierzu.